信頼できるデバイスから自動削除されました

iPhone6S（iOS10.3.3）を安全のため二段階認証（2ステップ認証）にしてたんですが、「2 ステップ確認に使われる、信頼できるデバイスから自動削除されました。」といった文面のメールが来ました。
この件についてAppleサポートに問い合わせしたのですが、欲しかった回答は得られなかったものの、現時点で行った対処について書いていきます。

10/2に届いたメールの文面（一部省略あり）はこういった内容でした。
「****（端末名）」が、ご利用の Apple ID (****) の 2 ステップ確認に使われる、信頼できるデバイスから自動削除されました。
信頼できるデバイスは、アカウントに変更を加える時や iCloud にサインインする時、または新しいデバイスを使って iTunes や App Store で購入を行う時に、本人確認を行うために使用されます。
セキュリティ保護のために、データ全消去されたデバイスは信頼できるデバイスのリストから削除されます。ご利用のデバイスを再度承認するには、Apple ID アカウントページにサインインして、セキュリティの編集で信頼できるデバイスを確認します。
もしお客様がこのデバイスのデータ全消去を行っていない場合、または他人が不正にお客様のアカウントにアクセスしていると思われる場合は、Apple ID アカウントページ（https://appleid.apple.com）でただちにパスワードを変更してください。
不明な点がある場合には、Apple サポートをご利用ください。
今後ともよろしくお願いいたします。
Apple サポート
実際にAppleIDのページにサインインしたら、本当に信用できるデバイスから自分のiPhoneが削除されてます。別にデータ全消去とかしてないので、このようなメールが来るのが不思議です。
とりあえず信用できるデバイスにiPhoneを追加しなおしました。万が一不正アクセスがあったらイヤなので、念のためにパスワードをより強固なものに変更して、使ってる全デバイスで再ログインしなおしました。
すると更に10/5にも同じメールがきました。またデバイス一覧から削除されています。2ステップ認証なので、自分の使ってるiPhoneを紛失しない限りは安全だろうと思い、今度はパスワードは敢えて変更はせず、信用できるデバイスの追加だけ行い、状況確認したいのでAppleサポートへ電話しました。
結論を先に書いておくと、この件でサポートに質問してもムダのようです。対応が一時間以上もかかって、途中でAppleエキスパートの方に交代にもなったんですが、結局自分が知りたかった下記質問については何もわかりませんでした。
・今回デバイスが短期間に二回も自動削除された原因はなにか？
・デバイスが自動削除される条件が他に無いのか？（誰かが不正アクセスして、IDとパスが一致したら削除されたりするのか？→自分のIDは危険ではないのか？）
サポートセンターの権限では、何があったのか全く分からないようなので、自分のIDが危険でないのかすら教えてもらえません。ですから今後も同様の質問しても意味がなさそうです。
サポートフォーラムを見ても、この話題が不自然なくらい見当たらなかったのも、無関係ではないかもしれません（ググれば割と同様のことが起こった人の体験記が出てくるのですけれどね……）
原因などがわからないので、対処療法的に、最新の二段階認証である「2ファクタ認証」に切り替えるように勧められました。
2ステップ認証が少し昔の方式で、2ファクタ認証はよりセキュリティが強固な最新なものだそうです。細かい違いについてはこちらの記事が詳しく書かれててオススメです。
でも結局のところ、どちらも二段階認証なので、結局やることはSMSメッセージなどでワンタイムパスワードを受け取る仕組みではあるから、無理に2ステップ認証から2ファクタ認証に変更しなくてもよい気もします。送られてくるコードが4桁から6桁に増えてたり、更にログイン時に許可操作をするといったところが微妙に違うくらいでしょうか。
とはいえiOS11以降だと強制的に2ファクタ認証になるみたいで、最新のiOSを使うのであれば、2ファクタ認証にしておいた方が後々めんどくさくない気もしますので、結局は2ファクタ認証に切り替えてみました。
変更の手順は公式サポートの通りだったんですが、少しだけ手間取ってしまいました。
まずは今行ってる2ステップ認証をオフにするために、二段階認証をする必要があったんですが、SMSメッセージだとお金がかかると思って、iPadAir2にワンタイムパスワードを送るようにしたら、届いた内容を正確に入力してエラーになってしまうのです。焦って何度か色々なパターンでやろうとしましたが、エラーになりすぎてコードの発行上限に達してしばらく使えませんと出てしまうようになりました（他の端末に変えても、同じIDだと同じ警告になります）。
正確な時間は覚えてないのですが、1時間くらい経過したあとだとロックが解除されたのか、SMSなどでコード送信できるようになりました。なおロック解除後であっても、なぜかSMS以外のコードだとエラー扱いになってしまいました（なぜ……？）
ようやくAppleIDページにログインはできたのですが、今度は2ステップ認証無効にするために、ひみつの質問を3つ入力させられたとき、メモってた質問事項のうち2つが同じリストボックスに含まれていて、質問3のリストには自分が未設定の質問しか出てこない、という困った状況になりました。
ダメもとで質問1、2は正確に入力して、質問3をデタラメに入力したら、なぜか通過できてしまいました。状況的には助かりましたが、セキュリティ的に大丈夫なの……？
あとは通常の手順どおり、2ファクタ認証を有効にして完了です。2ファクタ認証だと復旧キーの作成ができないようなので、念のために妻と自分のIDに対し、お互いの電話番号を登録して、信頼できるデバイスにしておきました。これで最悪どちらかのiPhoneが壊れても、もうひとりのiPhoneでログインできます。