Nucleusではサブカテゴリは標準の機能ではなく、NP_MultipleCategoriesプラグインを使った追加機能です。そのため、サブカテゴリに所属している記事を他ブログへ移動しても、マルチカテゴリー用のテーブルを操作することにはならないため、そのサブカテゴリには所属したままになり、そのためコンテンツリストでのサブカテゴリ記事数などに狂いが生じてしまいます。
こうなった場合どうすればいいかと言うと、phpMyAdminなどをつかって直接DBの値を操作すればいいです。nucleus_plug_multiple_categories というのがサブカテゴリ所属記事管理用テーブルになっていますので、表示をサブカテゴリでソートして、問題になってるサブカテゴリをまとめて表示させ、あとは余分な記事(この場合はブログ移動した記事)だけ削除していけばいいです。
なお、記事を削除した場合や、サブカテゴリの無い記事の移動だと、マルチカテゴリー用のテーブルを操作することになるのでこの問題は生じません。
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